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Autor:  

Schlüsener, Daniela

Titel:  

Proteomics of membrane proteins : development and application for the membrane proteome of Corynebacterium glutamicum

übersetzter Titel:  

Proteomanalyse von Membranproteinen : Entwicklung und Anwendung für das Membranproteom von Corynebacterium glutamicum


Dissertation 
URN:  urn:nbn:de:hbz:294-15420
URL:  http://www-brs.ub.ruhr-uni-bochum.de/netahtml/HSS/Diss/SchluesenerDaniela/diss.pdf
Format:  application/pdf (3.9 M)
Kommentar:  Ruhr-Universität Bochum, Fakultät für Biologie und Biotechnologie. Tag der mündlichen Prüfung: 2006-02-03

Inhaltsverzeichnis
Datei:  http://www-brs.ub.ruhr-uni-bochum.de/netahtml/HSS/Diss/SchluesenerDaniela/Inhaltsverzeichnis.pdf
Format:  application/pdf (245.5 k)

Zusammenfassung
Datei:  http://www-brs.ub.ruhr-uni-bochum.de/netahtml/HSS/Diss/SchluesenerDaniela/Zusammenfassung.pdf
Format:  application/pdf (132.6 k)

Abstract
Datei:  http://www-brs.ub.ruhr-uni-bochum.de/netahtml/HSS/Diss/SchluesenerDaniela/Abstract.pdf
Format:  application/pdf (143.1 k)

Schlagworte:  Chromatographie; Proteomanalyse; Strahlenpilze; Massenspektrometrie; Solubilisation

Inhalt der Arbeit: 

Für die Analyse des Membranproteomes von C. glutamicum wurde eine Kombination aus Anionenaustausch-Chromatographie und SDS-PAGE entwickelt (2-DC). Eine optimalen Vorfraktionierung der Membranproteine wurde durch eine Hochsalzwaschung, gefolgt von der Solubilisierung mit ASB-14 erreicht. Analysen demonstrierten die Vorzüge der 2-DC Methode; 50 von 170 gefundenen Proteinen waren membranintegral, sie hatten bis zu 13 Transmembrandomänen und einen GRAVY-Score bis 0,8. Weiterhin wurde die 16-BAC/SDS-PAGE für das Membranproteom von C. glutamicum optimiert. Für diese Methode zeigten sich allerdings deutliche Limitationen. Das C. glutamicum Membranproteom wurde unter dem Einfluss verschiedener Parameter untersucht. Die Gele waren hoch-reproduzierbar und für quantitative Analysen mittels Densitometrie geeignet. Die Identifizierung regulierter Membranproteine erlaubte die Interpretation der Daten in Bezug auf verschiedene Regulationsmechanismen.


Inhalt der Arbeit (übersetzt): 

A new approach for the analysis of the membrane proteome of C. glutamicum was developed. The screening for effective pre-fractionation techniques resulted in an optimized high salt wash and the subsequent solubilization of the membrane fraction by the detergent ASB-14. Anion exchange chromatography in combination with SDS-PAGE (2-DC) was optimized for separation. Detailed analysis revealed that this approach can display hydrophobic proteins; 50 out of 170 identified proteins were membrane integral, containing one to 13 TMHs and a GRAVY-score up to 0.8. In parallel 16-BAC/SDS-PAGE was tested for the separation of the membrane proteins but was clearly inferior to the 2-DC approach. The membrane proteome of a variety of mutants and cells at different growth conditions was analyzed. Gels were highly reproducible and applicable for quantification. A whole set of membrane proteins was found to be regulated under the tested conditions and allowed the interpretation of regulation mechanisms.


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